Federer juga mengalami kesulitan kala harus bertanding melawan petenis lain di Big Four. Menghadapi Djokovic, dia selalu kalah dalam dua pertemuan tahun ini. Djokovic kini hanya tertinggal satu kemenangan (15-16) dari total 31 pertemuan mereka.
Sejak bertemu di final ATP World Tour Finals 2012, butuh hampir satu tahun bagi Federer dan Djokovic untuk bertemu lagi. Pertemuan pertama mereka tahun ini terjadi di semifinal Paris Masters, 10 November.
Federer berhasil memenangi set pertama pertandingan tersebut. Bahkan dia berhasil mematahkan servis Djokovic pada game pertama set kedua. Tetapi, perlawanan petenis 32 tahun tersebut hanya sampai di situ. Djokovic memenangi 12 dari 16 game berikutnya, yang memastikannya memenangi pertandingan dengan 4-6, 6-3, 6-2, dalam dua jam.
"Kuncinya adalah tetap bertahan di sana dan melawan dia," ucap Djokovic usai pertandingan. "Saya tahu dia bermain agresif sejak awal dengan banyak maju ke net. Dia memanfaatkan peluang dengan sangat baik. Dia bermain efisien di depan. Saya mulai mengurangi melakukan kesalahan sendiri dan maju saat diperlukan. Saya melakukannya dengan baik di set kedua dan tiga."
Tak sampai sepekan, tepatnya empat hari kemudian, mereka kembali bertemu pada babak round robin ATP World Tour Finals di London. Pada pertemuan mereka yang ke-31 ini, Djokovic kembali menang dalam tiga set, 6-4, 6-7(2), 6-2. Ini adalah kemenangan kelima Djokovic dalam enam hari, dan semuanya melawan pemain dengan peringkat 15 besar dunia.
"Saya rasa Novak berjuang keras malam ini," kata Federer. "Begitu juga saya. Saya bahkan tak yakin apakah kami memainkan permain terbaik di set ketiga. Ini adalah salah satu pertandingan yang ingin kamu menangi saat lawanmu tidak dalam kondisi 100 persen."
Djokovic vs Federer pada 2013:
Paris Masters (semifinal), Djokovic, 4-6, 6-3, 6-2
ATP World Tour Finals (round robin), Djokovic 6-4, 6-7(2), 6-2.